函证应收账款回函率偏低的原因主要包括：客户配合度不高、函证信息不准确、邮寄或传递过程出现问题、客户内部流程复杂等。这些因素可能导致回函延迟或无法收回，影响审计效率和可靠性。应对措施包括：提前与客户沟通，确保对方了解函证的重要性；核对并更新客户联系信息，提高函证准确性；采用电子函证方式，加快传递和回复速度；对未回函客户进行跟进，必要时采用替代程序。通过这些方法，可以有效提高回函率，保障审计质量。